今天实验室的小师妹跑来问我怎么设计kasp引物,说看了半天论文还是蒙圈。我直接拍胸脯:这玩意儿有现成工具!当场就给她演示了一波,顺便把操作步骤全记下来。
准备工作
先打开电脑搜索框,敲了个关键词"kasp在线设计"。跳出来好几个链接,挑了个看起来最顺眼的网站点进去。甭管啥界面,先找"创建新项目"这种按钮就对了。
粘贴序列
从抽屉里翻出上周测序拿到的基因片段文档,选中那段长得要命的ATCG字母串。特别注意把上下游各500bp也复制进去,这步要是偷懒后面准出错。在网站上找到白底大文本框,"啪"地按ctrl+v黏贴。
- 关键设置1:在变异位点框里填上突变位置,我直接填了测序报告里的"chr3:125487"
- 关键设置2:引物长度调到22-25,Tm值设置成±2℃浮动
调整参数
看到高级选项就手痒点开,把二聚体检测和特异性检查都给勾上。右边还有个滑动条调GC含量,拉到40%-60%之间最保险。
页面最底下有个"避开连续G"的选项特逗,有次没勾选结果引物全是GGGGGG,气得师弟直骂街。
生成结果
戳完"开始设计"就翘着二郎腿等。比泡方便面还快,三十秒不到跳出三组引物方案。网站挺贴心,每套方案都给标了星级评分。挑了评分最高的那组,把FAM和HEX荧光标记那段复制下来发给师妹。
顺手点了右上角"导出表格",把设计参数全存到U盘里。等下批样本到了直接调参数复用,省得重新折腾。
师妹捧着打印结果蹦蹦跳跳走了,全程也就十来分钟。下次谁再说引物设计难,直接把这教程甩他脸上!





